โครงการก่อสร้างระบบขนส่งทางรางนั้น เป็นอีกหนึ่งภารกิจหลักที่กระทรวงคมนาคม โดยการรถไฟแห่งประเทศไทย (ร.ฟ.ท.) ต้องเป็นผู้ดำเนินการ ซึ่งโครงสร้างดังกล่าวมีความสำคัญทั้งด้านการเดินทางของผู้โดยสาร และการขนส่งสินค้า เพื่ออำนวยความสะดวกด้านการเดินทางดังกล่าว จึงได้มีการทดลองขนส่งคอนเทนเนอร์ขนาดเล็กภายใต้ความร่วมมือรถไฟไทย-ญี่ปุ่น ซึ่งพิธีการดังกล่าวได้เริ่มต้นขึ้นแล้ว

โดยในวันที่ 5 มกราคม 2559 ที่ผ่านมา นายอาคม เติมพิทยาไพสิฐ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคม และนายซึโตะมุ ชิมุระ รองอธิบดี กระทรวงที่ดิน โครงสร้างพื้นฐานการขนส่งและการท่องเที่ยวแห่งญี่ปุ่น ได้เป็นประธานร่วมปล่อยขบวนรถสินค้าเพื่อแสดงสัญลักษณ์ในพิธีเปิดการทดลอง ขนส่งคอนเทนเนอร์ขนาดเล็กภายใต้ความร่วมมือรถไฟไทย-ญี่ปุ่น ในความร่วมมือด้านระบบราง เส้นทางแนวเศรษฐกิจด้านใต้ (กาญจนบุรี-กรุงเทพ, กรุงเทพ-ฉะเชิงเทรา-อรัญประเทศ, กรุงเทพ-ฉะเชิงเทราแหลมฉบัง)

ส่วนพิธีเปิดการทดลองขนส่งคอนเทนเนอร์ขนาดเล็กภายใต้บันทึกความร่วมมือ (MOC) เพื่อเร่งดำเนินการความร่วมมือด้านระบบราง ตามแนวเส้นทางเศรษฐกิจด้านใต้ (กาญจนบุรี-กรุงเทพฯ, กรุงเทพฯ-ฉะเชิงเทราอรัญประเทศ, กรุงเทพฯ-ฉะเชิงเทรา-แหลมฉบัง) ซึ่งชุมทางหนองปลาดุกสถานที่ในการประกอบพิธีเปิดโครงการใน ครั้งนี้ นับว่าเป็นสถานที่ที่มีความสำคัญยิ่ง เนื่องจากเป็นชุมทางในการเชื่อมต่อแนวเส้นทางระบบรางที่พรั่งพร้อมไปด้วย ศักยภาพ เพราะนอกจากจะเป็นจุดเชื่อมต่อไปยังท่าเรือแหลมฉบัง จังหวัดชลบุรีแล้ว ยังเป็นชุมทางในการเชื่อมต่อแนวเส้นทางไปยังท่าเรือน้ำลึกทวาย ประเทศพม่า จะช่วยสนับสนุนให้การขนส่งสินค้าภายในประเทศไทยและประเทศเพื่อนบ้านให้มี ความคล่องตัวยิ่งขึ้น

สำหรับการทดลองการขนส่งสินค้าทางรางด้วยตู้สินค้า (คอนเทนเนอร์) ขนาด 12 ฟุต เป็นการดำเนินงานตาม MOC ข้อ 2 ซึ่งเป็นตู้คอนเทนเนอร์ขนาดใหม่ที่ได้รับมาจาก JR Freight ประเทศ ญี่ปุ่น จำนวน 12 ตู้ และขนาด 20 ฟุต จำนวน 3 ตู้ ประเทศไทยเพิ่งจะนำมาทดลองให้บริการเป็นครั้งแรก ช่วยให้การขนส่งและขนถ่ายสินค้ามีความคล่องตัว เพราะมีขนาดเล็ก รถบรรทุกสามารถเข้าถึงได้ดี แม้พื้นทื่คับแคบ ประหยัดพื้นที่จัดเก็บ และลดค่าใช้จ่ายในการขนส่ง

ส่วนการพัฒนาการขนส่งทางรางเป็นนโยบายที่ทางรัฐบาลให้ความสำคัญเป็นอย่างมาก โดยได้รับความร่วมมือเป็นอย่างดีจากการรถไฟแห่งประเทศไทย ในการขับเคลื่อนนโยบายให้ปรากฏเป็นรูปธรรม และยังได้รับการสนับสนุนจากมิตรประเทศที่ดีอย่างประเทศญี่ปุ่นที่ได้ถ่ายทอด ความรู้ความชำนาญด้านการขนส่งระบบรางให้แก่ประเทศไทย และด้วยความชำนาญในฐานะผู้นำด้านเทคโนโลยีการขนส่งระบบรางของญี่ปุ่น จะทำให้ประเทศไทยได้รับความรู้ทางด้านเทคโนโลยีระบบราง เป็นประโยชน์ต่อการพัฒนาการขนส่งทางราง เพื่อเพิ่มศักยภาพในการให้บริการขนส่งทางราง สร้างประโยชน์ให้กับผู้ประกอบการไทย ส่งเสริมเศรษฐกิจของประเทศให้เติบโตขึ้นในอนาคต

สำหรับความสำคัญกับการพัฒนาโครงข่ายการคมนาคมขนส่งโดยเฉพาะทางรางนั้น เนื่องจากเป็นปัจจัยสำคัญต่อการเพิ่มขีดความสามารถด้านเศรษฐกิจ ไม่ว่าจะเป็นการประหยัดน้ำมันเชื้อเพลิงไม่น้อยกว่า 100,000 ล้านบาทต่อปี ลดความสูญเสียจากอุบัติเหตุไม่น้อยกว่า 200 ล้านบาทต่อปี ลดระยะเวลาในการเดินทางทางรถไฟ ลดต้นทุนโลจิสติกส์ เพิ่มสัดส่วนการขนส่งทางรางจาก 2.5% เป็น 5% ทั้งหมดนี้ถือเป็นการคืนความสุขให้กับประชาชนอย่างเป็นรูปธรรม กระทรวงคมนาคมจึงเร่งผลักดันให้เกิดความร่วมมือด้านการพัฒนาระบบราง ไทย-ญี่ปุ่นขึ้น เพื่อเพิ่มศักยภาพด้านการขนส่งทางรถไฟของไทยและพัฒนาการให้บริการขนส่งทาง ราง โดยการพัฒนาเส้นทางรถไฟที่มีอยู่เดิม ระบบรางคู่หรือระบบรถไฟฟ้า ตามที่ได้ลงนามในบันทึกความร่วมมือด้านระบบรางระหว่างกระทรวงคมนาคมและ กระทรวงที่ดิน โครงสร้างพื้นฐานการขนส่งและการท่องเที่ยวแห่งญี่ปุ่น

อย่างไรก็ตาม การรถไฟแห่งประเทศไทยทำการทดลองการเดินขบวนรถขนส่งตู้สินค้า (container) 12 ฟุต เพื่อเป็นข้อมูลสรุปผลโครงการศึกษาฯ ใน 2 เส้นทาง ประกอบด้วยบางซื่อลำพูน (ศูนย์กระจายสินค้าภาคเหนือ) และ บางซื่อ-กุดจิก (นครราชสีมา)-ท่าพระ (ขอนแก่น)-กุดจิก (นครราชสีมา) ซึ่งมีสถานีกุดจิก เป็นศูนย์กระจายสินค้าภาคตะวันออกเฉียงเหนือ โดยทั้ง 2 เส้นทาง จะทำการพ่วงรถ บทต. โดยมีรายละเอียด ดังนี้ พ่วงรถ บทต.จำนวน 4 บทต. สำหรับการบรรทุกขนส่งตู้สินค้า (container) ขนาด 12 ฟุต, พ่วงรถ บทต. จำนวน 2 บทต. สำหรับการบรรทุกขนส่งตู้สินค้า (container) ขนาด 20 ฟุต และพ่วงรถโดยสารชั้น 2 นั่งและนอนปรับอากาศ (บนท.ป.) จำนวน 1 ตู้

สำหรับการเพิ่มศักยภาพเส้นทางแนวเศรษฐกิจด้านใต้ การพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานระบบราง 3 เส้นทาง ตามแนวเศรษฐกิจด้านใต้ เพื่อเชื่อมต่อท่าเรือสำคัญของ 3 ประเทศในภูมิภาคอาเซียน ได้แก่ ท่าเรือทวายของประเทศเมียนมา ท่าเรือแหลมฉบังของประเทศไทย และท่าเรือสีหนุวิลล์ของประเทศกัมพูชา ประกอบด้วย เส้นทาง กาญจนบุรีกรุงเทพฯ (ระยะทาง 133 กิโลเมตร), กรุงเทพฯ ฉะเชิงเทรา-แหลมฉบัง (ระยะทาง 148 กิโลเมตร) และฉะเชิงเทรา-อรัญประเทศ (ระยะทาง 195 กิโลเมตร) การขนส่งคอนเทนเนอร์ขนาดเล็กตู้สินค้า (คอนเทนเนอร์) เป็นองค์ประกอบสำคัญในการขนส่งสินค้าทางถนน ทางราง ทางน้ำ และทางอากาศ นอกจากนี้ตู้สินค้าสามารถขนส่งสินค้าได้หลากหลายรูปแบบ ทั้งสินค้าอุปโภคบริโภค เช่น อาหารแช่แข็ง อาหารสด อาหารแปรรูป ตลอดจนสินค้าคงทน เช่น รถยนต์ ผลิตภัณฑ์ที่เป็นของเสียหรือของทิ้งแล้ว